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住宅購入の登録免許税はいくら?

横浜で建売住宅を買うと、登記の際に登録免許税がかかります。計算方法と軽減税率の要件、税金を抑えるポイントを順に解説します。

住宅購入時にかかる主な税金とは

登録免許税は「登記」のときに納める国税

登録免許税は、土地や建物を購入・建築したときに行う登記にかかる国税です。建売住宅の購入では、主に次の3つの登記が関係します。

  • 所有権保存登記:所有権の登記がない建物に初めて行う所有権の登記
  • 所有権移転登記:売買などで所有権が売主から買主へ移るときの登記
  • 抵当権設定登記:住宅ローンの担保として金融機関が抵当権を設定する登記

登記の手続きは一般的に司法書士に依頼します。登録免許税のほかに、司法書士への報酬もかかります。

不動産取得税・印紙税もあわせて確認しておく

購入時には、登録免許税のほかに不動産取得税と印紙税もかかります。不動産取得税は都道府県税で、取得したときの価格に税率をかけて計算します。令和9年3月31日までに取得した住宅と土地の税率は3%です。宅地評価土地は、価格の2分の1を課税標準とする措置があります。神奈川県では、令和5年4月1日以降の取得について登記を申請していれば申告は不要で、後日届く納税通知書で納めます。

印紙税は売買契約書にかかります。令和9年3月31日までに作成する契約書には軽減税率が適用され、契約金額が1,000万円超5,000万円以下なら1万円、5,000万円超1億円以下なら3万円です。

参照元:神奈川県「不動産取得税」(https://www.pref.kanagawa.jp/zei/kenzei/a001/b011/index.html)

参照元:国税庁「No.7108 不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置」(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7108.htm)

住宅購入時の登録免許税の計算方法

計算式は「課税標準×税率」

登録免許税は「課税標準×税率」で計算します。土地と建物の課税標準は「不動産の価額」です。原則として、市町村の固定資産課税台帳に登録された価格(固定資産税評価額)を使います。登録された価格がない場合は、登記官が認定した価額になります。

新築の建物には固定資産税評価額がまだありません。そのため、法務局が構造別・用途別に定めた「新築建物課税標準価格認定基準表」の1㎡あたり単価に床面積をかけて課税標準を出します。たとえば東京法務局管内(基準年度2024年度)では、木造の居宅が1㎡あたり107,000円です。この単価で床面積100㎡なら、課税標準は1,070万円です。横浜市内の物件は横浜地方法務局の管轄で単価が異なる場合があるため、管轄の法務局か司法書士に確認してください。なお、計算した税額が1,000円に満たない場合は1,000円になります。

参照元:国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm)

参照元:ノムコム「登録免許税|不動産税金ガイド」(https://www.nomu.com/tax/buy/menkyo.html)

参照元:東急リバブル「登録免許税とは?登録免許税の計算方法と、転入前の住宅家屋証明書の発行など」(https://www.livable.co.jp/shiritai/tax/myhome-kounyu-torokumenkyozei/)

登記の種類ごとの税率(本則と軽減税率)

税率は登記の種類によって決まっていて、マイホームの要件を満たすと軽減税率が使えます。

登記の種類課税標準本則税率軽減税率
建物の所有権保存登記法務局認定価格0.4%0.15%
建物の所有権移転登記(売買)固定資産税評価額2.0%0.3%
土地の所有権移転登記(売買)固定資産税評価額2.0%1.5%
抵当権設定登記債権金額0.4%0.1%

建物と抵当権の軽減税率は、令和9年3月31日までの取得が対象です。土地の1.5%はマイホームかどうかを問わず、令和11年3月31日までの登記に適用されます。

建売住宅では、建物の登記が「所有権保存登記」と「所有権移転登記」のどちらになるかで税率が変わります。買主の名義で保存登記をすれば0.15%ですが、新築後未使用の建物を移転登記で取得する場合は0.3%です。どちらになるかは、契約前に売主か司法書士に確認しておきましょう。

試算として、建物の課税標準1,070万円・土地の固定資産税評価額2,000万円・借入額4,000万円と仮定します。保存登記の場合、建物1万6,000円(100円未満切り捨て)+土地30万円+抵当権4万円で、合計は約35万6,000円です。

参照元:国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm)

参照元:三井のリハウス「登録免許税(登記費用等)」(https://www.rehouse.co.jp/mtebiki/05.html)

登録免許税の軽減税率を受けるための要件

新築の建売住宅で住宅用家屋の軽減税率を受けるには、次の要件をすべて満たす必要があります。

  • 個人が、自分の居住用として新築または建築後未使用の住宅を取得すること
  • 登記簿上の床面積が50㎡以上であること
  • 新築または取得から1年以内に登記すること
  • 登記申請書に、市区町村長の「住宅用家屋証明書」を添付すること

注意したいのは床面積の数え方です。パンフレットやチラシに載っている面積は、登記簿の面積と一致しない場合があります。戸建ては壁芯面積、マンションは内法面積で登記されます。

不動産取得税の軽減では、令和8年4月1日以降に取得した住宅の床面積要件が40㎡以上に緩和されました。一方、登録免許税の要件は「登記簿上50㎡以上」のままです。そのため、40㎡以上50㎡未満の住宅は、不動産取得税は軽減されても登録免許税の軽減は受けられません。

参照元:ノムコム「登録免許税|不動産税金ガイド」(https://www.nomu.com/tax/buy/menkyo.html)

参照元:東急リバブル「登録免許税とは?登録免許税の計算方法と、転入前の住宅家屋証明書の発行など」(https://www.livable.co.jp/shiritai/tax/myhome-kounyu-torokumenkyozei/)

参照元:神奈川県「新築の場合の軽減措置」(https://www.pref.kanagawa.jp/zei/kenzei/a001/b011/002.html)

横浜市で住宅用家屋証明書を取得する方法

新築住宅の住宅用家屋証明書は、横浜市建築局情報相談課の証明書発行窓口で発行しています。窓口のほか郵送でも申請できます。申請は、司法書士が代理で行うのが一般的です。新築の場合の発行条件は次のとおりです。

  • 個人が新築した住宅、または建築後未使用の住宅を取得したものであること
  • 専ら本人の居住用として使うこと
  • 床面積が50㎡以上であること
  • 新築または取得から1年以内の物件であること

主な必要書類は、建物の登記事項証明書などの登記関係書類と、6か月以内に作成された住民票の写し(マイナンバーの記載がないもの)です。建売住宅を買った場合は、売買契約書か譲渡証明書も必要です。また、次のいずれかに当てはまる場合は「家屋未使用証明書」を提出します。

  • 新築年月日から申請日までに1年以上経っている
  • 建築主と売主が異なる
  • 所有権移転登記をする

手数料は1件につき1,300円です。1日10件までの申請なら即日交付されます。電子申請は、入居済みで新築後1年以内の場合に限って利用できます。

参照元:横浜市「新築の住宅用家屋証明書のご案内」(https://www.city.yokohama.lg.jp/business/bunyabetsu/kenchiku/annai/shomei/kaoku/kaokusy1.html)

参照元:三井のリハウス「登録免許税(登記費用等)」(https://www.rehouse.co.jp/mtebiki/05.html)

住宅購入時の税金を少しでも抑えるポイント

長期優良住宅・低炭素住宅の建売を選ぶ

特定認定長期優良住宅と認定低炭素住宅は、登録免許税の税率が保存登記・移転登記ともに0.1%まで下がります(一戸建ての長期優良住宅を移転登記する場合は0.2%)。対象は令和9年3月31日までの取得です。先ほどの試算で建物の課税標準が1,070万円なら、保存登記の税額は1万6,000円から1万700円に下がります。

認定長期優良住宅は、不動産取得税の控除額も1,200万円から1,300万円に増えます(令和13年3月31日までの取得)。横浜市で証明書を申請するときは、認定申請書の副本と認定通知書の写しが必要です。物件を選ぶ段階で認定の有無を確認し、書類を売主から受け取っておきましょう。

参照元:国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm)

参照元:神奈川県「新築の場合の軽減措置」(https://www.pref.kanagawa.jp/zei/kenzei/a001/b011/002.html)

新築住宅の不動産取得税の軽減を活用する

新築住宅や新築未使用の住宅を購入した場合、床面積が40㎡以上240㎡以下(住宅用の車庫・物置を含む)であれば、住宅の価格から1戸につき1,200万円が控除されます。敷地の土地も、新築未使用の住宅とあわせて新築後1年以内に取得していれば減額されます。減額されるのは、次のうち多いほうの額です。

  • 45,000円
  • 土地1㎡あたりの価格(宅地は2分の1)×住宅の床面積の2倍(1戸200㎡まで)×3%

土地の減額を受けるには、建物の登記事項証明書の写しなどを添えて、減額申告書を県税事務所に提出します。e-kanagawa電子申請でも手続きできます。

参照元:神奈川県「新築の場合の軽減措置」(https://www.pref.kanagawa.jp/zei/kenzei/a001/b011/002.html)

取得後1年以内の登記と適用期限に注意する

住宅用家屋証明書は、登記の申請時に添付しなければなりません。登記した後で提出しても軽減税率は適用されません。登記は新築または取得から1年以内に行い、住宅の軽減税率の期限(令和9年3月31日)にも注意が必要です。

住民票を移す前に証明書を申請する場合、横浜市では、やむを得ない理由を書いた申立書と、現在住んでいる家の賃貸借契約書などを添えれば申請できます。申請日から入居予定日までは原則2週間以内です。この扱いは市区町村ごとに異なるため、引き渡し・登記・転入の日程は早めに司法書士とすり合わせておきましょう。

参照元:国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm)

参照元:横浜市「新築の住宅用家屋証明書のご案内」(https://www.city.yokohama.lg.jp/business/bunyabetsu/kenchiku/annai/shomei/kaoku/kaokusy1.html)

参照元:東急リバブル「登録免許税とは?登録免許税の計算方法と、転入前の住宅家屋証明書の発行など」(https://www.livable.co.jp/shiritai/tax/myhome-kounyu-torokumenkyozei/)

まとめ

住宅購入時の登録免許税は「課税標準×税率」で計算します。建売住宅では、保存登記か移転登記かで建物の税率が変わります。軽減税率を受けるには、登記簿上50㎡以上で、取得後1年以内に住宅用家屋証明書を添えて登記することが条件です。横浜市で証明書を取る段取りを早めに整え、長期優良住宅なども選択肢に入れて購入時の税負担を抑えましょう。